Claire Janoir : Déjouer la virulence de la bactérie Clostridioides difficile

Claire Janoir est enseignante-chercheuse à la Faculté de pharmacie de l’Université Paris-Saclay et responsable d’une équipe qui a rallié en 2020 l’Institut Microbiologie de l'alimentation au service de la santé humaine (MICALIS - Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech). Tous les chercheurs et les chercheuses de l’équipe étudient, avec des axes différents, la bactérie entéropathogène Clostridioides difficile, majoritairement responsable d’infections associées aux soins. Claire Janoir est aussi co-responsable du master 2 de microbiologie (bactéries, virus, parasites) MBVP et depuis quelques mois, directrice-adjointe de la Graduate School (GS) Health and Drug Sciences de l’Université Paris-Saclay, chargée de la formation et de l’insertion professionnelle. 

Classée parmi les trois pathogènes les plus menaçants par le Center for Disease Control and Prevention (CDC) depuis 2017, la bactérie C. difficile infecte le colon de l’être humain et est la cause de diarrhées nosocomiales, dont les formes graves ont une issue fatale dans 3 % des cas. Surtout, la rechute est très importante : un patient infecté par C. difficile comporte environ 25 % de risques de tomber malade à nouveau. Et pire encore : plus il fait de rechutes, plus il a de risques d’en faire. « Certains patients font plus de dix épisodes de diarrhée, ce qui est très invalidant », déplore Claire Janoir. Curieusement, cette bactérie est peu connue du grand public. « Les infections communautaires qu’elle provoque sont sans doute sous-évaluées, car rarement recherchées du fait de sa qualité de bactérie anaérobie stricte, c’est-à-dire qu’on ne la trouve pas si on ne la cherche pas spécifiquement », explique Claire Janoir. La bactérie développe des formes de résistance. « La contamination se fait par les spores, des formes particulières résistantes à une partie des protocoles de désinfection des hôpitaux. Cela entraine un taux de contamination de l’environnement sans doute très important. »

Traquer les comportements de la bactérie…

« Nous tentons de comprendre les mécanismes à l’origine de sa virulence tout en essayant d’avoir une valorisation en termes d’innovation thérapeutique », expose Claire Janoir. Parmi les quatre axes de recherches de l’équipe, l’enseignante-chercheuse travaille sur la manière dont C. difficile s’installe au niveau du colon humain et l’impact de cette spatialisation sur sa virulence. « Nous étudions en ce moment sa capacité à former des biofilms. Il y a trois ans, nous avons mis au point un modèle de biofilm à l’aide de souris monoxéniques. Aujourd’hui, nous développons d’autres outils dans le but d’observer les interactions synergiques ou antagonistes avec d’autres bactéries du microbiote intestinal. » Ces travaux s’insèrent dans le projet ANR DifBioRel qui a démarré début 2021, en partenariat avec deux équipes de l’Institut Pasteur.

…pour mieux soigner

Aujourd’hui, le microbiote intestinal est l’objet de toutes les attentions scientifiques et médicales. « La transplantation fécale est très efficace en cas de rechutes d’infections à C. difficile, mais les mécanismes sous-tendant cette efficacité ne sont pas encore parfaitement compris, explique Claire Janoir. Dans le cadre de notre fusion avec l’Institut Micalis, spécialiste du microbiote, nous avons démarré un nouvel axe pour tenter de les déchiffrer. » D’autres projet sont en cours, axés sur l’innovation thérapeutique, notamment sur la régulation de l’inflammation par les micro-ARN en cours de maturation, ainsi que la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques et vaccinales.

Un parcours 100 % Faculté de pharmacie

Claire Janoir démarre ses études universitaires à l’Université Paris-Sud et s’engage dans un cursus pharmaceutique. À l’époque, la jeune femme souhaite devenir chercheuse en neurosciences mais, en troisième année, elle a le coup de foudre pour la bactériologie et se passionne pour la résistance aux antibiotiques. Elle soutient une thèse sur ce sujet en 1998 et obtient dans la foulée un poste de maîtresse de conférences à la Faculté de pharmacie.  

De la résistance aux antibiotiques à la virulence de Clostridioides difficile : c’est le choc. « Comme son nom l’indique, cette bactérie est difficile à travailler, déclare Claire Janoir. Et la virulence est un monde très différent de la résistance bactérienne. Elle ne fait pas appel aux mêmes techniques et il y a davantage de paramètres à prendre en compte. » Entre sa charge d’enseignement et sa nouvelle thématique de recherche, la chercheuse surmonte une première année difficile. Puis, petit à petit, elle développe ses propres axes de recherche : par exemple la régulation des facteurs de colonisation bactériens en fonction des conditions environnementales et chez l’hôte. En 2007, elle obtient son Habilitation à diriger des recherches (HDR). Six ans plus tard, elle est nommée professeure et prend en 2015 la direction du master de microbiologie et celle du laboratoire.

L’aventure Paris-Saclay

En mars 2020, Claire Janoir devient directrice-adjointe de la Graduate School Health and Drug Sciences, en charge de la formation et de l’insertion professionnelle. « Cette aventure extraordinaire s’écrit tous les jours ! C’est un projet très challengeant qui demande un énorme investissement humain, confie la chercheuse. La structuration des Graduate Schools sur lesquelles l’Université Paris-Saclay s’appuie pour le développement de sa stratégie de recherche et de formation, l’articulation avec les programmes interdisciplinaires actuellement en cours de construction avec d’autres acteurs de Paris-Saclay, l’évolution des formations et l’anticipation sur les métiers de demain et les besoins des entreprises en termes de formation initiale et continue, sont autant de défis passionnants. » Enfin, Claire Janoir se projette sur la rentrée 2021/2022 des étudiants et étudiantes à la Faculté de pharmacie, qui aura lieu le 1er octobre 2021 si les conditions sanitaires le permettent et sera combinée avec la cérémonie de remise de diplôme de la promotion 2019-2020. Des animations festives (escape game sur le médicament, rallye pour faire découvrir les locaux, des visites de labos par les doctorants) jalonneront cette journée.

Le plaisir d’enseigner

« Le métier d’enseignant-chercheur est magnifique. Malgré les difficultés actuelles (télétravail et cours en visio-conférences), j’adore ce métier exigeant, mais très stimulant intellectuellement, et où on jouit d’une grande liberté. La balance de la recherche avec l’enseignement permet de garder le contact avec les jeunes. Pour moi, c’est précieux, déclare Claire Janoir. N’ayant malheureusement plus beaucoup de temps aujourd’hui pour la recherche, enseigner est actuellement ce qui me procure le plus de plaisir ! » L’enseignante-chercheuse aime beaucoup challenger et encourager ses étudiants. « Je leur dis de persévérer pour ne pas avoir de regrets. On a toujours une deuxième chance. L’avenir n’est jamais tracé même si cela nécessite un peu d’énergie. »